Ватикана отрича обвиненията срещу папа Франциск затова, че не е говорил открито срещу нарушенията на човешките права по време на военното управление в родната си Аржентина.

"Никога не са били надеждни обвиненията срещу него", каза говорителят на Ватикана Федерико Ломбарди.

Говорителят на Светия престол обвини за атаките срещу папата "анти-духовнически леви елементи, които традиционно атакуват Църквата".

Хорхе Берголио, сега папа Франциск, е бил начело на йезуитите в Аржентина по време на хунтата. Подобно на други латиноамерикански духовници от онова време, и той е трябвало да се бори, от една страна с репресивния десен режим и от друга - с крилото на Църквата, клонящо към политическа активност в ляво.

Едно от твърденията срещу папата се отнася до отвличане през 1976 г. на двама йезуити от военното правителство на Аржентина, заради подозрителната им работа сред жители на бедните квартали.

Както глава на свещениците по онова време, Хорхе Берголио е обвиняван за това, че не е успял да ги защити от ареста, което кабинетът му категорично отрече.

По време на разследването на ареста и изтезанията на двамата мъже, които са били освободени след пет месеца, съдиите за разпитвали кардинал Берголио като свидетел през 2010 г.

Официалният биограф на новия папа, Серхио Рубин, твърди, че лидерът на йезуитите "е предприел извънредни, но задкулисни действия, за да ги спаси".

Друго обвинение, отправено срещу него от времето на „Мръсната война" е, че той не е успял да изпълни молбата да помогне за намиране на бебето на жена, отвлечена когато е била бременна в петия месец и убита през 1977 г. Смята се, че бебето е било незаконно осиновено.

Кардиналът свидетелства през 2010 г., че не е знаел за кражбата на бебето и е разбрал за това едва след като хунтата е паднала, което роднините оспорват.

С т. нар. „Мръсна война" се означава периода между 1976 и 1983 г., когато в Аржентина управлява военната хунта, когато са избити огромен брой студенти, интелектуалци и работници на базата на доктрината за идеологическа война, насочена към премахване на социалната основа на бунтовете.

Хиляди смъртни случаи се дължат на различни партизански атаки и покушения.
Комисията за изчезналите от 1984 г. документира изчезването и вероятната смърт в ръцете на военния режим на около 11 000 души. Правозащитни организации смятат, че над 30 000 души са „принудително изчезнали" (арестувани, измъчвани и екзекутирани тайно, без съдебен процес) в периода 1976-1983 г.